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イベント

【Live配信セミナー 9/12】ケモインフォマティクスにおける化合物表現とプログラミング≪演習講座≫

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化学・エレクトロニクス:セミナー 医薬品/医療機器・材料/食品/化粧品:セミナー  / 2022年07月06日 /  医療・バイオ 化学・樹脂 試験・分析・測定
イベント名 ケモインフォマティクスにおける化合物表現とプログラミング≪演習講座≫
開催期間 2022年09月12日(月)
10:30~16:30
会場名 Zoomを利用したLive配信
会場の住所 東京都※会場での講義は行いません
お申し込み期限日 2022年09月09日(金)15時
お申し込み

<セミナー No.209113>

 

ケモインフォマティクスにおける

化合物表現とプログラミング

≪演習講座≫

 

☆ 化合物の表記方法、分子フィンガープリント、分子記述子、化合物検索など
  物質構造の表現・数値化のポイントが分かる
☆ Python、RDKitの演習で、プログラミングでの具体的留意点を学ぶ

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■講師
ケモインフォ(株) 藤 秀義 氏 (元アステラス製薬(株))
■聴講料
1名につき55,000円(消費税込/資料付き)
1社2名以上同時申込の場合のみ1名につき49,500円(税込)
大学、公的機関、医療機関の方には割引制度があります。詳しくはお問い合わせください。
■Live配信セミナーの受講について
・本講座はZoomを利用したLive配信セミナーです。セミナー会場での受講はできません。
・下記リンクから視聴環境を確認の上、お申し込みください。
 → https://zoom.us/test
・開催日が近くなりましたら、視聴用のURLとパスワードをメールにてご連絡申し上げます。
 セミナー開催日時に、視聴サイトにログインしていただき、ご視聴ください。
・Zoomクライアントは最新版にアップデートして使用してください。
・パソコンの他にタブレット、スマートフォンでも視聴できます。
・セミナー配布資料は印刷物を郵送いたします。
・当日は講師への質問することができます。可能な範囲で個別質問にも対応いたします。
・本講座で使用される資料や配信動画は著作物であり、録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止いたします。
・本講座はお申し込みいただいた方のみ受講いただけます。
  複数端末から同時に視聴することや複数人での視聴は禁止いたします。
・Zoomのグループにパスワードを設定しています。部外者の参加を防ぐため、パスワードを外部に漏洩しないでください。
 万が一部外者が侵入した場合は管理者側で部外者の退出あるいはセミナーを終了いたします。

プログラム                        
【講座主旨】
近年、様々な分野でDX(デジタルトランスフォーメーション)が進んでおり、データ駆動型の研究開発手法に大きな期待が寄せられています。特に、有機化合物を扱う創薬研究や材料開発においては、ケモインフォマティクスの重要性が注目されています。ケモインフォマティクスとは、化合物情報の作成、管理、検索、分析、可視化など、コンピュータ・情報科学を用いて化学分野における様々な問題を取り扱う学問領域になります。
本講演では、ケモインフォマティクスの基礎である、化合物の表記方法、分子フィンガープリント、分子記述子、化合物検索、化合物データベース構築について、プログラミング言語Pythonと、Pythonのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いて、実践的内容を解説致します。Pythonの基本文法について事前に学びたい方は、Udemyの無料コース「Pythonプログラミングで知っておくべき15のこと」(c)をご受講下さい。


【講座内容】
1.化合物の表記方法
 (1) MOL形式、SDF形式
 (2) SMILES記法
 (3) SMARTS記法
 (4) InChI、InChIKey
2.分子フィンガープリント・分子記述子の生成
 (1) RDKitでの分子フィンガープリントの生成
 (2) RDKitでの分子記述子計算
 (3) Mordredでの分子記述子計算
3.Pandasデータフレームを用いた化合物検索
 (1) 完全一致構造検索
 (2) 部分構造検索
 (3) 類似構造検索
4.SQLite3を用いた化合物DB構築
 (1) リレーショナルデータベースについて
 (2) SQLの基本
 (3) 化合物データベースの構築
5.データセットの可視化・クラスタリング
 (1) 化合物データベースからのデータ取得
 (2) 化合物空間の可視化・クラスタリング
【質疑応答】

 

【講師略歴】
千葉大学薬学部で薬剤師免許を取得。博士号(薬学)を取得した大学院時代には、理化学研究所にてスーパーコンピュータを用いたIT創薬研究に従事。2006年度、薬学出身者初の未踏スーパークリエータに認定される。
2009年よりアステラス製薬に入社し、計算化学・ケモインフォマティクスの専門家として、創薬研究におけるITやAI技術の活用を推進し、臨床開発候補化合物の創出に貢献。2015年には産業技術総合研究所の高度なIT創薬技術を活用した共同研究を開始し、外部パートナーとの連携による創薬のオープンイノベーションを推進。さらに、欧州製薬企業を中心とするMELLODDYコンソーシアムの立ち上げに唯一の日本人として参画し、2019年よりMELLODDYプロジェクトを開始。そこで、創薬ビッグデータを用いた世界初の連合学習プラットフォームの構築に携わる。
2020年よりプログラミングやプレゼンテーションスキル、AI創薬などについてナレッジシェア出来る、オンラインサロン「インフォマジシャン研究所」(https://bit.ly/informagician)を運営。

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